食品廠潔凈車間可大致分為三個區域：一般作業區、準清潔區、清潔作業區。
一般作業區（非清潔區）：一般的原料、成品、工具儲存區域，包裝成品轉運區域等原料、成品裸露風險較低的區域，如外包裝室、原輔料倉庫、包裝材料倉庫、外包裝車間、成品倉庫等。
準清潔區：要求次之，可以不需要二次更衣，如原料處理、包材處理、包裝、緩沖間（拆包間）、一般生產加工間、非即食食品的內包裝間等成品處理但不直接裸露的區域。
清潔作業區: 指衛生環境要求高，人員、環境要求較高，需經過消毒和更衣才可以進入，如：原料、成品裸露的處理區域，食食品的冷加工間、即食食品的冷卻間、待包裝即食食品的儲存間、即食食品的內包裝間等。
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